傳說寺址是達賴剌嘛占卜求神所定，神示曰：“林木深幽現清泉，天降金鶩嬉其間”所以游人進寺，會見到清泉淙淙，終年不涸，并能常見一對金鷸在寺院出雙入對。寺名為五世達賴剌嘛所賜。“噶丹”表示傳承黃教祖師宗喀巴首建立之噶丹寺；“松贊”即指天界三神帝釋、猛利和婁宿游所；“林”即“寺”。整個含可理解為：“一切顯密非一次修成，為使無垢之法源尖不斷地惠及眾生，使之圓滿，特建此寺”。松贊林寺成為本地區政教合一制度的最高機構，成為滇、藏、川藏區佛、法僧“三寶”務的殊勝道場，各地到北朝圣的信徒也是終年絡繹不絕，香火極盛。

寺院法源